Organi Univerziteta su Upravni odbor, Senat, Rektor, Predsjednik Univerziteta i Savjetodavno vijeće.
Organ upravljanja Univerziteta je Upravni odbor Slobomir P Univerziteta. Mandat članova Upravnog odbora traje četiri godine.
Upravni odbor ima 11 članova, i čine ga 2 predstavnika osnivača, 2 predstavnika neakademskog osoblja, 5 predstavnika akademskog osoblja, 2 predstavnika studenata. Predsjednik Upravnog odbora bira se iz reda akademskog osoblja.
Senat je najviše akademsko tijelo Univerziteta sačinjeno od predstavnika akademskog osoblja i studenata od čega najmanje jednu trećinu od ukupnog broja članova čine redovni profesori.
Senat čine rektor, kao predsjednik Senata, prorektori, po jedan člana iz reda akademskog osoblja sa punim radnim vremenom svakog fakulteta/akademije i po jedan predstavnik studenata iz svakog ciklusa.
Univerzitetom rukovodi rektor. Rektor univerziteta zastupa i predstavlja Univerzitet, organizuje i rukovodi radom Univerziteta, donosi pojedinačne akte u skladu sa zakonom i statutom Univerziteta, predlaže opšte akte u skladu sa Zakonom i statutom Univerziteta, predlaže Upravnom odboru i Senatu mjere za unapređenje rada Univerziteta, predlaže Upravnom odboru mjere za efikasno i zakonito obavljanje djelatnosti Univerziteta, predlaže osnove planova rada i razvoja Univerziteta, donosi Pravilnik o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta, na prijedlog Upravnog odbora, izvršava odluke Upravnog odbora i drugih organa Univerziteta, podnosi Upravnom odboru izvještaj o finansijskom poslovanju Univerziteta, naredbodavac je za izvršenje finansijskog plana, učestvuje u radu rektorske konferencije, zaključuje ugovore u ime Univerziteta, obustavlja od izvršenja akte rukovodilaca organizacionih jedinica ukoliko ustanovi da su u suprotnosti sa Zakonom i ovim Statutom, imenuje i razrješavanje rukovodioce dekane i direktore organizacionih jedinica, na prijedlog vijeća, obavlja promociju doktora nauka, profesora emeritusa i redovnih profesora, potpisuje diplome i dodatak diplome, ostvaruje saradnju sa drugim Univerzitetima i naučnim ustanovama u zemlji i inostranstvu uz saglasnost Senata, imenuje i razrješava rukovodioce organizacionih jedinica na prijedlog nastavno-naučnog vijeća fakulteta/akademije, te obavlja i druge poslove u skladu sa zakonom i Statutom i drugim opštim aktima Univerziteta.